（一）办公室(法制科)。负责机关日常运转工作;承担文电、会务、政务信息、机要、保密、档案、信访等工作，承担政务督查、政务公开、宣传、外事、机关后勤服务等工作;承担综合性报告和重要文件的起草工作;负责组织综合性调研活动;监督实施公路、水路行业信息化政策，指导行业网络安全和行业信用管理工作;承担综合交通运输体制改革有关工作。承担机关依 法行政、行政复议、行政应诉相关工作和规范性文件的合法性审  查清理工作;监督实施行政执法相关政策、制度和技术标准;负责全市公路路政管理、超限运输治理和道路运输管理中的货运源头治超工作;负责重大案件查处和跨区域执法的组织协调工作;  统筹协调和监督指导全市交通运输业综合执法工作;按程序调用县级交通运输综合执法队伍人员力量;参与实施交通管制。

（二）行政审批服务科。负责组织协调‘放管服效’改革相关工作;根据部门职能调整动态修订以及法律法规立改废释等情况，梳理本部门行政审批服务事项通用目录;负责本部门行政权力事项权责清单和权力事项流程图的拟定、申报工作;负责组织协调本部门依申请行政审批服务事项，负责行政审批事项相关接待、咨询、受理、 审核审批和办理结果公布等工作。

     （三）综合规划科。负责研究全市综合交通运输发展相关问题，组织开展相关政策研究；会同有关部门组织拟订全市综合交通运输发展规划，负责编制公路、水路等规划，承担有关协调工作；组织拟订相关行业发展规划，参与拟订全市物流业发展规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；负责提出全市公路、水路固定资产投资规模和方向以及国家、省、市财政性资金安排意见并监督实施；按规定权限审批或核准国家、省、市规划内及年度计划规模内固定资产投资项目；承担公路、水运工程建设项目设计审批；承担有关环境保护、利用外资、统计工作；监测分析交通运输运行情况并发布有关信息。
     （四）财务审计科。拟订全市公路、水路行业有关投融资政策性措施；承担专项资金、预决算、政府采购、外资、信贷有关工作；承担机关和直属单位财务、资产监管、内部审计工作；负责公路、水路市重点基本建设项目的绩效监督及内部审计工作。
     （五）建设管理科。承担全市公路、水路建设市场监管责任，监督实施公路、水路建设及维护的相关政策、制度、技术标准；承担市重点公路、水路等工程施工许可、监督管理、竣工验收工作；指导全市公路及水路建设、管理和维护工作；监督实施公路、水路行业科技政策，指导行业生态文明工作。
     （六）运输管理科（出租汽车行业指导办公室）。负责与有关部门建立综合交通运输体系协调配合机制；承担涉及综合交通运输体系的相关协调工作；承担全市道路、水路运输管理工作，监督实施相关政策、制度和标准；负责全市船舶检验工作；指导全市有关道路、水路运输安全生产监督管理工作；指导交通运输枢纽管理工作；负责出租汽车行业的监督管理工作，指导汽车租赁等工作；指导公众出行路况信息服务和咨询工作；参与拟订全市物流业发展有关政策性措施，按规定负责道路、水路物流市场有关管理工作；指导行业节能减排工作。
     （七）安全监督科（应急办公室）。贯彻落实公路、水路安全生产政策，组织拟订应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急管理机制建设；承担有关道路、水路运输企业安全生产监督工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作，负责组织相关抢险救援工作；组织协调国家、省、市重点物资运输和紧急客货运输；负责安全信息统计、分析、报送等工作；负责地方交通战备和国防动员有关工作。
     （八）城市公共交通管理科。贯彻执行国家、省、市有关城市公交行业发展的法律、法规和方针、政策；负责制定城市公交行业发展规划；组织协调市城区公交运力投放和线路站点的规划、建设、维护；监督指导城市公交运营工作。
     （九）人事科。承担机关和所属单位的人事管理、机构编制、劳动保护和教育培训工作，指导全市交通运输行业人才队伍建设工作。
机关党委。负责机关和所属单位的党群、纪检工作。
离退休干部工作科。负责机关离退休干部工作；指导所属单位的离退休干部工作。