市交通运输局设11个内设机构。

（一）办公室。负责文电、会务、机要、保密、档案、信访等工作；承担综合性报告、重要文件起草和目标管理、政务督查、政务公开、政务信息、宣传、外事、计生、保卫、后勤服务等工作。

（二）综合规划科。会同有关部门组织编制全市综合交通运输体系规划，统筹衔接平衡公路、水路等规划，承担有关协调工作；组织拟订相关行业发展战略和规划，参与拟订全市物流业发展战略和规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；负责提出全市公路、水路固定资产投资规模和方向以及国家、省、市财政性资金安排建议并监督实施；按规定的权限审批、核准国家、省、市规划内及年度计划规模内固定资产投资项目；承担或参与全市公路、水路工程设计审批；贯彻落实公路、水路建设相关技术标准；承担公路标志标线管理工作；承担有关环境保护、利用．外资、统计工作；监测分析交通运输运行情况并发布有关信息；提出全市公路收费站点设置建议。

（三）法制科。指导全市交通运输行业的法制工作。承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；指导监督行业行政执法工作，承担行政复议和行政应诉工作；组织开展相关政策研究；指导全市公路、水路行业有关体制改革工作；监督全市公路收费站贯彻落实收费标准、收费期限等事项；组织实施绿色通道、抢险救灾、农机跨区作业等通行费减免工作。

（四）行政审批服务科。负责组织、协调行政审批相关工作。负责行政审批相关接待、咨询、受理工作；负责对有关业务科室许可、审批、审核业务办理情况进行统计、汇总和通报等工作；负责组织行政审批事项执行情况的后续监管。

（五）运输管理科（出租汽车行业指导办公室）。负责与有关部门建立综合交通运输体系协调配合机制，承担涉及综合交通运输体系的相关协调工作；负责危险货物运输经营驾驶人员、装卸管理人员、押运人员等从业人员的资格认定；指导全市公路、水路运输管理工作，贯彻落实相关政策、制度和标准；指导交通运输枢纽管理工作；指导公共汽车、出租汽车运营和汽车租赁等工作；贯彻落实全市物流业发展有关政策和标准，按规定负责公路、水路物流市场有关管理工作。

（六）建设管理科。承担全市公路、水路建设市场监管责任。负责公路、水路建设、维护相关政策、制度、技术标准的监督实施；承担市重点公路、水路等工程施工许可、监督和竣工验收工，作；指导农村公路建设、维护工作；承担水运工程专业丙级监理资质许可职责。

（七）安全监督科（应急办公室）组织拟订全市公路、水路安全生产措施和应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急管理机制建设；承担有关公路、水路运输企业安全生产监管工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作，负责组织相关抢险救援工作；组织协调国家、省、市重点物资运输和紧急客货运输；负责安全信息统计、分析、报送等工作。

（八）科技科。贯彻实施公路、水路行业科技、信息化政策；负责信息化建设工作；组织协调有关重大科技项目研究；承担有关标准、质量和计量工作；指导行业节能减排工作。

（九）城市公共交通管理科。宣传贯彻执行国家、省、市有关城市公交行业发展的法律、法规和方针、政策；负责制定城市公交行业发展规划；监督实施市城区公交运力投放和线路站点的规划、建设、维护；监督指导城市公交、城市地铁和轨道交通运营工作。

（十）财务审计科。拟订全市公路、水路行业有关投融资意见办法；承担专项资金、预决算、政府采购、外资、信贷有关工作；承担机关和直属单位财务及资产监管、内部审计工作；负责公路、水路市重点基本建设项目的绩效监督及内部审计工作。

（十一）人事科承担局机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动保护、卫生监督工作；指导全市交通运输行业人才队伍建设工作；负责全市公路、水路行业教育管理，承担有关智力引进工作。

机关党委。负责局机关及直属单位的党群工作。

离退休干部工作科。负责局机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。

派驻机构：派驻纪（工）委监察室。负责局机关及直属单位的纪检监察工作。